小規模事業者持続化補助金のインボイス特例とは？第20回の必要書類と登録状況別の対応

小規模事業者持続化補助金＜一般型・通常枠＞第20回のインボイス特例では、要件を満たす事業者の補助上限額が通常の50万円から100万円に引き上げられます。

インボイスの登録がまだ完了していなくても申請できます。応募時に必要な書類は、登録状況によって異なります。

• 登録済み：適格請求書発行事業者の登録通知書の写しを提出
• e-Taxで登録申請中：登録申請データの「受信通知」画面の写しを提出
• 紙で登録申請中：応募時のインボイス登録関連書類の添付は不要
• 登録未申請：応募時のインボイス登録関連書類の添付は不要

ただし、補助事業の終了時点までに適格請求書発行事業者の登録を受けていることが必要です。要件を満たせなかった場合は、上乗せの50万円だけでなく、補助金全体が交付されません。

以下では、2026年11月9日時点の第20回公募要領（第9版）に基づき、必要書類、様式9、適用要件、申請期限を整理します。

インボイス特例の必要書類【登録状況別の一覧表】

第20回のインボイス特例では、登録済み・電子申請中・紙申請中・未申請の4つの状況で、応募時の添付書類が異なります。

※「添付不要」はインボイス登録に関する書類の扱いです。決算書や確定申告書など、補助金の通常申請で必要となる書類が免除されるわけではありません。

① インボイス登録済みの場合

すでに適格請求書発行事業者として登録されている場合は、応募時に登録通知書の写しを提出します。

申請システムに添付する際の指定ファイル名は「インボイス登録通知書（事業者名）」です。

応募時に登録通知書の写しを提出していれば、インボイス特例の確認のために実績報告時に同じ書類を改めて提出する必要はありません。

② e-Taxで登録申請中の場合

e-Taxでインボイス登録申請を行い、まだ登録が完了していない場合は、登録申請データの「受信通知」画面の写しを添付します。

指定ファイル名は「インボイス受信通知（事業者名）」です。

ただし、受信通知は登録手続きの申請を行ったことを示すものであり、適格請求書発行事業者として登録されたことの証明にはなりません。

実績報告時には、登録通知書の写しを別途提出する必要があります。

③ 紙で登録申請中の場合

郵送など紙の申請書でインボイス登録手続きを進めている場合、補助金の応募時点では登録関連書類の添付は不要です。

ただし、補助事業の終了時点までに登録を受け、応募時に提出していない登録通知書の写しを実績報告時に添付する必要があります。

④ インボイス登録が未申請の場合

インボイスの登録申請をまだ行っていない事業者も、第20回の応募時点で登録通知書などを提出する必要はありません。

ただし、インボイス特例の適用要件を満たすことが前提です。また、補助事業終了時点では登録を受けていなければなりません。

登録には手続きが必要となるため、特例を希望する場合は、補助金の応募準備と並行して登録時期を検討しておくことが実務上の対策になります。

様式9は登録状況にかかわらず申請画面で対応する

第20回でインボイス特例を希望する場合、登録済み・申請中・未申請のいずれでも、「インボイス特例の申請に係る宣誓・同意書（様式9）」への対応が必要です。

第20回の様式9は、電子申請システムの宣誓・同意画面に表示される内容を確認し、該当箇所へチェックする方式です。

過去の公募回で使用されていた様式9のPDFを印刷し、自署して添付する方式とは異なります。

また、インボイス特例を希望する場合は、次の入力も必要です。

課税売上高については、公募要領で2019年9月30日、2020年9月30日、2021年9月30日のそれぞれが属する事業年度の数値が指定されています。直近3期分と取り違えず、申請画面の案内に従って入力してください。

小規模事業者持続化補助金のインボイス特例とは？

インボイス特例とは、免税事業者から適格請求書発行事業者への転換などに伴う事業環境の変化に対応するため、一定の条件を満たす事業者について補助上限額を引き上げる仕組みです。

インボイス特例は、50万円が別途支給される制度ではありません。通常枠の補助上限額が50万円から100万円になる仕組みです。

例えば、補助対象経費が150万円で、全額が補助対象として認められ、補助率2/3が適用される場合、補助金額は100万円となります。

なお、賃金引上げ特例の要件も満たす場合は、両特例を合わせて補助上限額が250万円となる仕組みもあります。その場合は両方の特例要件を満たす必要があります。

インボイス特例の対象者と適用要件

第20回のインボイス特例は、補助事業終了時点で適格請求書発行事業者として登録されており、さらに次のいずれかに該当する事業者が対象です。

• 2021年9月30日から2023年9月30日の属する課税期間に、一度でも免税事業者であった事業者
• 2023年10月1日以降に創業した事業者

そのため、現在インボイス登録済みであるという理由だけでは、必ずしも特例の対象にはなりません。

例えば、対象期間に一度も免税事業者でなく、2023年9月30日以前に創業している事業者は、上記の適用要件に該当しません。

また、過去に小規模事業者持続化補助金のインボイス特例を活用して補助事業を実施した事業者や、一般型のインボイス枠（インボイス特例を含む）で採択を受けて補助事業を実施した事業者は、第20回のインボイス特例の申請対象外です。

なお、法人だけでなく、要件を満たす個人事業主も対象になり得ます。個人事業主の通常枠への申請条件や基本的な必要書類は、小規模事業者持続化補助金は個人事業主も対象？条件・必要書類で解説しています。

補助事業終了時までにインボイス登録が必要

第20回のインボイス特例で特に注意したいのは、登録が必要となるタイミングです。

応募時点でインボイスの登録が完了している必要はありませんが、補助事業の終了時点では、適格請求書発行事業者として登録を受けていることが必要です。

第20回の補助事業実施期限は2028年3月31日です。実績報告は、経費の支払いを含む事業完了日から起算して30日を経過する日と、2028年4月10日のいずれか早い日までに提出します。

実施期限より早く事業を終える場合は、自社の補助事業の終了時点で登録を受けている必要があります。

実績報告では登録通知書の写しが必要

応募時に登録通知書の写しを提出していない事業者は、実績報告時に提出しなければなりません。

次の書類は、実績報告時の登録通知書の代わりにはなりません。

• 適格請求書発行事業者の登録申請書
• 適格請求書発行事業者公表サイトの画面
• e-Taxの登録申請データの「受信通知」画面

特に、応募時にe-Taxの受信通知を提出している事業者は、登録通知書の提出を忘れないようにしてください。

採択後の見積書提出、交付決定、発注、実績報告、入金までの流れは、小規模事業者持続化補助金の採択後の手続き完全ガイドで確認できます。

第20回の申請期限｜12月4日と12月15日の違い

第20回の一般型・通常枠では、補助金の申請期限と事業支援計画書（様式4）の発行受付締切が異なります。

事業支援計画書（様式4）は、地域の商工会・商工会議所に発行を依頼する書類です。

12月15日の補助金申請期限までに提出すればよいというわけではなく、12月4日までに様式4の発行依頼を行う必要があります。

受付締切後の発行依頼は認められません。インボイス特例を希望する場合も、通常の申請と同じ期限が適用されます。

まとめ｜必要書類と登録期限を分けて確認する

小規模事業者持続化補助金の第20回では、インボイス登録が未完了でも、インボイス特例への申請が可能です。

応募時は登録状況に応じた添付書類を用意し、様式9の宣誓・同意画面にも対応します。紙で登録申請中の場合や未申請の場合は、応募時の登録関連書類の添付は不要です。

一方、補助事業の終了時点では適格請求書発行事業者として登録されている必要があります。登録要件を満たさない場合は補助金全体が交付されないため、応募時の書類準備と登録手続きの進捗を分けて管理しましょう。

参考：小規模事業者持続化補助金 第20回公募要領（第9版・2026年11月5日）／第20回申請時によくあるご質問（FAQ）／第20回公募 公式応募案内