持続化補助金とIT導入補助金は併用できる？2026年の重複ルールと経費の分け方

小規模事業者持続化補助金とIT導入補助金は、補助対象となる事業内容と経費が重複しない場合、両方の申請を検討できます。

2026年のIT導入補助金は「デジタル化・AI導入補助金2026」という名称です。両制度の公式FAQでは、国の他の補助事業との重複を禁止する一方、異なる事業内容・経費を対象とする申請については余地があることが示されています。

ただし、同じシステムの導入費を2つの補助金に分けて申請したり、同一事業の請求書を分割したりするだけでは、重複の問題は解消しません。

この記事では、2026年11月9日現在の小規模事業者持続化補助金〈第20回・一般型通常枠〉とデジタル化・AI導入補助金2026〈通常枠〉を対象に、併用条件と経費の分け方を解説します。

持続化補助金とIT導入補助金の併用ルール

2つの補助金の併用を判断する際は、同一の事業内容や経費を、複数の補助金の対象としていないかを確認します。

持続化補助金のFAQ Q3-5

第20回小規模事業者持続化補助金の公式FAQ「Q3-5 他の補助金との併用はできますか」では、同一事業者が同一内容で、国の他の補助事業と併用することはできないとされています。

国以外の機関が国の補助金を受けて実施する事業も含まれます。

また、第20回公募要領第9版では、国が助成する他の制度と同一または類似内容の事業を補助対象外とし、他の補助金を受給している場合や受給予定の場合は、双方の事務局等への事前確認を求めています。

デジタル化・AI導入補助金2026のFAQ No.19

デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠FAQ「No.19 国の他の助成金・補助金との併用が可能ですか」では、国および中小機構の他の助成金・補助金との併用はできないとしたうえで、次の例外を示しています。

つまり、同じ事業者が2つの補助金へ申請すること自体を、一律に禁止しているわけではありません。

一方で、持続化補助金側には「同一または類似内容の事業」という制限があります。IT導入補助金側で経費を分けられるとしても、それだけで持続化補助金の要件を満たすとは限りません。

併用を検討できる具体例｜販路開拓と会計ソフト導入

例えば、新商品の販路開拓と、社内の会計業務の効率化を別々に進めるケースです。

この例では、販路開拓の取組と会計業務の効率化について、目的・導入物・支出内容が異なります。そのため、両制度への申請を検討する余地があります。

ただし、これは経費の分け方を説明するための想定例であり、実際の採択や併用が認められた事例を示すものではありません。

持続化補助金側で確認すること

展示会出展やチラシ制作については、第20回公募要領で定められた経費区分に該当するだけでなく、経営計画に基づく販路開拓の取組であることが必要です。

例えば、チラシ制作費であっても、単なる会社紹介ではなく、対象商品・サービスの販路開拓に結び付く内容かを確認します。

また、第20回では広報費のみ、またはウェブサイト関連費のみの申請はできません。

ただし、公式FAQ Q3-20では、広報費とウェブサイト関連費を組み合わせた申請は可能とされています。広報費・ウェブサイト関連費の補助金交付申請額は、それぞれ30万円が上限です。

持続化補助金の制度全体については、小規模事業者持続化補助金2026・第20回の申請条件と対象経費をご確認ください。

IT導入補助金側で確認すること

デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠では、事務局に登録されたIT導入支援事業者が提供する、登録済みITツールの導入費用が補助対象です。

会計ソフトを導入する場合は、次のような条件を確認します。

• 導入する会計ソフトが2026年の登録済みITツールであること
• 提供事業者が登録済みIT導入支援事業者であること
• ソフトウェアが対象となる業務プロセスを満たしていること
• 申請者が通常枠の申請要件を満たしていること
• 交付決定後に契約・発注し、所定の期間内に導入・支払い等を完了できること

会計機能があるソフトでも、契約するプランや導入する機能が登録済みITツールの対象に含まれるか、支援事業者と確認してください。

また、デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠では、ホームページ制作やECサイト制作は補助対象外です。販路開拓用のウェブサイト制作を、IT導入補助金の通常枠へ振り替えて申請することはできません。

併用できない可能性が高い経費の分け方

経費の重複を判断するときは、請求書の形式ではなく、実際に導入するものや提供されるサービスの内容を確認します。

同じシステムの請求書を2つに分ける

例えば、顧客管理システムの導入について、システム本体をIT導入補助金、同じシステムの設定・構築作業を持続化補助金に計上するケースです。

仮に請求書や契約書を別々に作成しても、実質的に同じ導入事業を構成する内容であれば、重複に該当する可能性があります。

請求書を分割したこと自体は、併用可能であることの証明にはなりません。

同じ業務・機能を両制度に計上する

同じ顧客管理機能、同じソフトウェアのライセンス、同じ導入設定作業などを、名称だけ変更して両方へ計上することも避ける必要があります。

例えば「販促支援システム構築費」と「顧客管理ソフト導入費」という別の名称でも、実際の導入機能や作業範囲が重なっていれば問題になります。

経費を分ければ必ず認められると考える

見積書や請求書の費目が異なっていても、補助事業そのものが同一または類似内容と判断されれば、持続化補助金の対象外となる可能性があります。

一方、同じ業者へ依頼することだけで、直ちに重複と決まるわけでもありません。実際の事業内容、導入物、契約範囲、費用の内訳を確認する必要があります。

申請前に経費をどう分ける？5つの確認項目

併用を検討する場合、申請書の作成前に2つの補助事業を整理しておくと、重複の有無を確認しやすくなります。

特に、ひとつの見積書に複数の作業がまとめられている場合は、何にいくらかかるのかを確認します。「システム導入一式」などの記載だけでは、作業内容や重複の有無を判断しにくくなります。

持続化補助金の経費区分や対象外経費については、小規模事業者持続化補助金の対象経費一覧と経費明細の書き方でも詳しく解説しています。

発注前に両方の補助金事務局へ確認する方法

2026年11月9日時点で、デジタル化・AI導入補助金の通常枠7次は12月1日17時が申請締切です。持続化補助金第20回は様式4の発行依頼が12月4日、電子申請が12月15日17時までです。両方を検討する場合は、早い方の締切を基準に見積内訳と計画を整理します。デジタル化・AI導入補助金の事業スケジュール・持続化補助金第20回の応募案内

併用の可否は、申請者が経費を分けただけで確定するものではありません。

持続化補助金の第20回公募要領でも、他の補助金を受給している場合や受給予定の場合には、双方の事務局等へ事前に確認するよう求めています。

相談する際は、以下の情報をまとめておくと、具体的な判断につながりやすくなります。

各事務局には、他方の補助金へ申請する内容も伝え、事業内容と経費が重複していないという整理で問題ないか確認します。

相談時には、見積書だけでなく、業務内容や成果物が分かる資料も準備するとよいでしょう。回答内容と相談日も記録しておきます。

持続化補助金とIT導入補助金の併用でよくある質問

Q. 同じ会社が2026年に両方の補助金へ申請できますか？

両方の申請を検討することは可能です。ただし、同一または類似内容の事業や重複する経費は認められません。それぞれの申請要件を満たす必要があり、併用の可否は事前に両事務局へ確認してください。

Q. 持続化補助金でホームページを作り、IT導入補助金で会計ソフトを導入できますか？

事業内容と経費が重複せず、それぞれの制度の対象要件を満たす場合は、両方の申請を検討できます。

ただし、持続化補助金ではウェブサイト関連費のみの申請はできず、2026年第20回の補助金交付申請額は30万円が上限です。また、IT導入補助金側では会計ソフトが登録済みITツールであることなどが必要です。

Q. 同じ業者から見積書を2枚発行してもらえば併用できますか？

見積書の枚数だけでは判断できません。実際の事業内容や提供されるサービスに重複がないこと、各制度の対象経費として認められることが必要です。

Q. 併用が認められれば両方の補助金を受け取れますか？

併用上の問題がないと確認できても、採択や補助金交付が保証されるわけではありません。各制度の審査、交付決定、補助事業の実施、実績報告等の要件を満たす必要があります。

まとめ｜併用するなら事業内容と経費を明確に分ける

持続化補助金とデジタル化・AI導入補助金2026は、事業内容と経費が重複しない場合に、両方の申請を検討できる制度です。

販路開拓の取組と会計ソフトの導入のように、目的や導入物が異なる場合でも、実際の経費の内容と各制度の申請要件を確認する必要があります。

請求書を分けることだけを併用の根拠にせず、双方の申請内容、仕様書、見積内訳を整理したうえで、発注前に両事務局へ確認してください。

※2026年11月9日確認。持続化補助金は第20回公募要領第9版、デジタル化・AI導入補助金2026は通常枠FAQおよび第7回公募以降の公募要領を確認しています。

参考：小規模事業者持続化補助金 第20回 申請時によくあるご質問（Q3-5・Q3-20）／第20回 公募要領（第9版）／デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠FAQ（No.19）／デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠公募要領（第7回公募以降）